受到國際國內宏觀經濟形勢影響，2012年經濟運行面臨多重挑戰，機械工業產銷增長明顯回落,我所全體干部職工共同努力，積極應對市場變化，圍繞國家產業政策調整業務對策，克服了種種困難，使各項工作進展順利，完成了全年計劃指標，同時在市場拓展、技術創新、人才隊伍、質量工作等方面均有不同程度的完善和提高。

北京機械工業自動化研究所前身為第一機械工業部電器工業研究所、電機工業部電器科學研究院、第一機械工業部電器科學研究院。

1953年9月 一機部發文同意成立北京電器工業試驗所。主要目的是“鞏固和改進現有產品以及不斷增加新產品來為電力工業、冶金、燃料工業以及交通運輸業和機械工業服務”。

1954年12月 一機部批復將“北京電器工業試驗所”改為“第一機械工業部電器工業管理局北京電器工業研究所”。研究所領導沈陽、上海兩個分所和籌建中的中捷亞熱帶電器試驗站并開始在湖南湘潭建站。

1956年4月  一機部命令將“北京電器工業研究所”改為“第一機械工業部電器科學研究院”，簡稱“電器院”，由機械部直接領導。

1956年5月  國務院決定成立電機工業部，電器院劃歸電機部直接領導，定名為“電機工業部電器科學研究院”，當時有職工521人。

1957年12月  隨著電機部并入第一機械工業部，電器院又劃歸一機部領導。

1963－1970年 電器院的部分科室遷往天津、西安、桂林等地。

1966年1月  一機部決定由電器院統一領導電工行業和科學研究管理工作。

1971年12月 機械院、電器院、農機院三院正式合并，定名為“機械研究院”。

1976年3月  一機部批準建立機械工業自動化研究所，主要從事機械工業生產過程自動化，生產管理中有關自動化問題的研究，同時負責歸口機械工業自動化行業技術工作。

1982年11月 根據全國人大五屆二十三次會議“關于將一機部、農機部、國家儀器儀表工業總局、國家機械設備成套總局合并，設立機械工業部的決議”,原屬一機部、農機部、國家儀器儀表總局的科學技術研究所全部歸機械工業部領導，北自所更名為“機械工業部北京機械工業自動化研究所”。

1987年－1988年 因國家機構改革，北自所先后更名為“國家機械工業委員會北京機械工業自動化研究所”、“機械電子工業部北京機械工業自動化研究所”。

1993年5月 又更名為“機械工業部北京機械工業自動化研究所”。

1998年 機械工業部撤消后，北自所更名為“北京機械工業自動化研究所”,劃歸國家機械工業局管理。

1999年5月 科學技術部、國家經濟貿易委員會印發《國家經貿委管理的10個國家局所屬242個科研機構轉制方案》，北自所轉制為中央直屬大型科技企業，隸屬于機械科學研究院。

2004年12月 機械院整合京區資源，組建“機科發展科技股份有限公司”,北自所進入“機科發展”統一管理運行。

2010年3月 機械院重新調整資源，北自所成立改革發展領導小組，恢復獨立運營。

2011年-至今 北自所新一屆領導班子組建，所獨立運營。

2017年 根據《國務院辦公廳關于印發中央企業公司制改制工作實施方案的通知》（國辦發﹝2017﹞69號）、國資委改革局《關于中央企業公司改制工作有關事項的通知》（國資廳改革﹝2017﹞544號）文件的要求，原“北京機械工業自動化研究所”自2017年11月變更登記為“北京機械工業自動化研究所有限公司”。